长时间饮用不合格的水质，有机化合物会在人体中堆积，长期饮用有机化合物总量超标的水，最终对身体造成危害，严重时可能致癌、致畸、致突变 。
根据调查发现，2007年底，国家发改委、卫生部、建设部、环保总局等多部委联合印发《全国城市饮用水卫生安全保障规划》，明确称：“全国近年抽检饮用水合格率83.4%。”
上一版《生活饮用水卫生标准》于1985年制订，水质指标为35项。2006年，在国家标准化管理委员会协调下，卫生部牵头，会同建设部、国土资源部、水利部、国家环保总局，组织各方面专家完成修订。标准委要求，各省级政府全部指标最迟于2012年7月1日必须实施。
新标准与国际接轨，指标达到106项，与世界上最严的水质标准——欧盟水质标准基本持平。中国的自来水似乎即将实现直接饮用。
水质检测次数少，还因检测能力过差。全国35个重点城市中，仅有40%城市有能力检测106项全指标，地级市、县级市全部需要送检，大批县市、乡镇水厂连常规指标检测能力都不具备。而发达国家至少每月查一次全指标，每天都会检测十几项到二十几项不等的必检指标。
2009年的普查发现，以地表水为水源的自来水厂不合格，主要原因恰恰是有机化合物总量超标。而以地下水为水源的水厂，不少也出现了氟、砷、铁、锰等超标。
根治自来水之疾，最根本的措施在于净化水源地。水源地如果达标，即便是只用最基本的传统工艺处理，水质都会合格。根治水源水质，需要国家层面的制度设计，与江河湖海的水环境治理规划对接。然而，根治水源之路至少也要15年至20年，改善自来水水质无法等那么久。当务之急，是自来水厂工艺升级，尽快上马深度处理工艺。
有机化合物总量是指以高锰酸钾为氧化剂所测定出的水中COD值。COD俗称化学需氧量，表示水中还原性物质（各种有机化合物、亚硝酸盐、硫化物等）数量多少。美国环保总署曾发布报告称，现有检测技术在饮用水中发现有756种有机化合物，其中有20种致癌物，23种可疑致癌物，18种促癌物和56种致突变物。
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